Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

14

Snabbtitt: MSI GS60 med Geforce GTX 970M

Geforce Maxwell för prestandaklassen ger hitintills oöverträffad prestanda även i bärbara datorer. Häng med när SweClockers klämmer på MSI:s slimmade speldator GS60. Läs mer

38

Gigabyte erbjuder fri uppgradering till nästa generation med Black Edition

Den som införskaffar ett moderkort i serien Black Edition kan utan kostnad uppgradera till nästa generation när Gigabyte drar igång en ny kampanj tillsammans med svenska återförsäljare. Läs mer

35

Asus introducerar gamingmusen Gladius med utbytbara brytare från Omron

Finsmakare slipper lödpennan när Asus introducerar den nya gamingmusen ROG Gladius i Sverige, där huvudnumret är utbytbara brytare från Omron. Läs mer

32

Gigabyte först med Geforce GTX 970 för Mini ITX

Grafikprocessorn Nvidia GM204 kombinerar hög prestanda med låg strömförbrukning, vilket Gigabyte tar fasta på i ett nytt Geforce GTX 970 för formfaktorn Mini ITX. Läs mer

37

Thermalright tillkännager HR-02 Macho Zero – semipassiv kylare med lufttunnel

Kylaren HR-02 Macho från Thermalright uppdateras med en inkluderad lufttunnel, vilket ska möjliggöra semipassiv kylning av marknadens mest högpresterande processorerna. Läs mer

35

Benq BL2420PT först med WQHD i 24 tum

Hitintills är upplösningen WQHD reserverad för bildskärmar på 27 tum eller mer, men nu lanserar Benq den första 24-tummaren med 2 560 x 1 440 pixlar. Läs mer

66

Oneplus One för förhandsbokning i en timme

Telefonmakaren Oneplus har inga planer på att skrota det omdiskuterade inbjudningssystemet, men under en timme blir det möjligt att förhandsboka One. Läs mer

39

Intel Skylake skickas ut för validering – lansering andra kvartalet 2015

Trots tillverkningstekniska problem under året planerar Intel att redan det andra kvartalet 2015 lansera arkitekturen Skylake, som nu har skickats ut till testare för validering. Läs mer

24

Globalfoundries tar över IBM:s fabriker

Efter åratal av rykten står det klart att Globalfoundries tar över IBM:s verksamhet för tillverkning av halvledare och ingår ett långsiktigt partnerskap för tillverkningen av IBM:s serverprocessorer. Läs mer

67

Nvidia kan halvera priset för GTX Titan Z

I slutet av augusti började Nvidia subventionera Geforce GTX Titan Z för systemintegratörer och snart kan grafikkkortet även bli billigare i den ordinarie försäljningskanalen. Läs mer

31

Microsoft uppges lansera smart klocka inom de närmaste veckorna

Inom de närmaste veckorna uppges Microsoft släppa en smart klocka, där träningsfinesser och ett i kategorin jämförelsevis brett stöd för operativsystem står på menyn. Läs mer

68

Corsairs tangentbord med Cherry MX RGB kan endast visa 512 färger

Trots löftet om miljoner kan Corsairs nya RGB-belysta tangentbord inte åstadkomma mer än 512 färger, men gamingföretaget lovar bot och bättring. Läs mer

24

Lenovo Yoga 3 Pro med Broadwell butikslistas

Hybriddatorn Lenovo Yoga 3 Pro listas nu hos svenska återförsäljare och finns att förbeställa för 13 490 kronor. Det har även uppdagats att processorn till skillnad från tidigare rapporter inte har en passiv kyllösning. Läs mer

143

Fredagspanelen: Maxwell för bärbart, AMD:s nya vd och Google Nexus 6

Det blir nypremiär på riktigt när Jonas och Emil tar plats i SweClockers nya studio för ett nytt avsnitt av Fredagspanelen. Veckans avsnitt behandlar allt mellan Maxwell och Nexus. Läs mer

Sök jobb