Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

0

Asus PB279Q med 4K AHVA till svenska återförsäljare

Efter en smärre försening är den första 4K-upplösta skärmen med AHVA-teknik på ut väg på marknaden. Läs mer

24

SK Hynix inleder produktion av HBM-minne Q1 2015 – kan användas i Radeon 390X "Fiji"

Minnesmakaren SK Hynix meddelar att massproduktion av höghastighetsminnet HBM inleds under första kvartalet 2015, vilket intressant nog sammanfaller med ryktena om Radeon R9 390X. Läs mer

49

Recension: Fractal Design Define R5

Efter drygt två år har det blivit dags för svenska Fractal Design att sjösätta den femte delen av sin storsäljande Define-serie. Jonas Thörnqvist låser in sig i studion för en rejäl genomgång av det purfärska Define R5. Läs mer

55

Samsung vill importstoppa Nvidias grafikprocessorer

Nvidia får smaka på sin egen medicin när Samsung tar den pågående juridiska dragkampen till handelsorganisationen ITC med målet att stoppa importen av Nvidias grafikprocessorer. Läs mer

27

SK Hynix massproducerar GDDR5 i 8,0 GHz

Minnesstandarden GDDR5 har nått högre klockfrekvenser än först förutspått, men än är den inte redo att kasta in handduken. Nu lyfter SK Hynix minnestypen till hela 8,0 GHz. Läs mer

65

Helgläsning: Historien om Windows

Från en enkel fönsterhanterare till världens mest använda operativsystem för persondatorer. Jörgen Städje berättar den långa och brokiga historien om Microsoft Windows. Läs mer

105

Grafikprestanda i Dragon Age: Inquisition

  • Spel
  • 2014-11-21 17:11

Med spelmotorn Frostbite under huven lovar nya Dragon Age både äventyr och grafik i toppklass. Redaktionen laddar testriggarna, men möter "oväntat" motstånd från mjukvaran Origin. Läs mer

116

Tävling: Julpynta SweClockers logotyp

  • Tävling
  • 2014-11-21 15:48

Värm glöggen och ta fram pepparkakorna, för nu är det dags att pynta loggan. Inget mindre än tre Asus Geforce GTX 970 Strix väntar under granen. Läs mer

112

Xiaomi: "Vi kommer bli större än Samsung och Apple på smarta telefoner"

Xiaomi är förhållandevis okänd för konsumenter i västvärlden, men är tack vare en stark närvaro i Asien tredje störst inom smarta telefoner. Nu ser vd:n en framtid där de kan bli störst i världen. Läs mer

51

Svenska Omnifinity satsar på 360-graders rullband för virtuell verklighet

Det svenska företaget Omnifinity lovar att ta den virtuella verkligheten till en ny nivå med rullbandet Omnideck, som gör det möjligt att röra sig naturligt i 360-grader. Läs mer

68

Gigabytes vattenkylda Geforce GTX 980 Waterforce Tri-SLI kostar 29 995 kronor

Tre SLI-kopplade Geforce GTX 980 med stängd vattenkylning är receptet för Gigabytes koncept Waterforce, som nu är på väg till handeln och butikslistas med en skyhög prislapp. Läs mer

65

Intel och Microns 3D NAND ska möjliggöra SSD-enheter på 10 TB

Efter Samsungs 3D V-NAND sluter Intel och Micron upp med en motsvarande teknik, som förutom lägre priser kommer möjliggöra SSD-enheter på hela 10 TB inom de närmsta åren. Läs mer

41

Futuremark 3DMark får prestandatester för Mantle och DirectX 12

Nästa år får AMD Mantlekonkurrens av DirectX 12 och frågan på mångas läppar är hur de kommer prestera mot varandra. Det här hoppas Futuremark kunna svara på med framtida uppdateringar av testsviten 3DMark. Läs mer

33

AMD tillkännager Carrizo och Carrizo-L

Bärbara formfaktorer är åter i skottgluggen när AMD tillkännager Carrizo och Carrizo-L. Förutom sockelkompatibilitet och integrerad sydbrygga utlovas rejäla framsteg i energieffektivitet. Läs mer

Skribent
Emil Åkered
Videoartiklar

IT-Sverige gör ALS Ice Bucket Challenge

Utmaningen att hälla iskallt vatten över huvudet drar in donationer till ALS-forskningen. Även svenska företag i IT- och hemelektronikbranscherna ställer upp i insamlingen.
Läs mer

Nvidia Tegra K1 med tesselering

Nvidias stora lansering för årets upplaga av CES är den mobila plattformen Tegra K1. Under mässan passar företaget på att demonstrera nykomlingens kapacitet.
Läs mer

Sök jobb