Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

28

Recension: Corsair Obsidian 450D

Efter omstarten av serien Obsidian fyller Corsair igen det sista hålet i storleksklasserna med den nya Miditower-klassade datorlådan 450D, som nu tar plats i SweClockers testlabb. Läs mer

58

Säkerhetsforskare lurar fingeravtrycksläsaren i Samsung Galaxy S5

Efter att ha besegrat fingeravtrycksläsaren i Iphone 5S riktas blickarna mot nya Samsung Galaxy S5. Nu visar det sig att även denna kan överlistas med relativt enkla medel. Läs mer

10

Intel: "Fler än 70 hybrider till skolstarten"

Allt fler börjar titta på hybriddatorer, men antalet tillgängliga modeller är fortsatt lågt. Nu avslöjar Intel att över 70 olika designer kommer finnas för försäljning lagom till skolstarten. Läs mer

52

Linksys open source-router WRT1900AC till svenska återförsäljare

Den klassiska WRT-54G-serien får en uppföljare när Linksys inleder leveranserna av den prestandaorienterade routern WRT1900AC, som bland annat har stöd för öppen källkod. Läs mer

25

Intel tillverkar kretsar i 14 nanometer – Broadwell anländer under 2014

I samband medden senaste kvartalsrapporten tillkännager Intel produktionsstarten av kretsar med 14 nanometersteknik och att arkitekturen Broadwell lanseras enligt planeringen. Läs mer

22

Toshiba avtäcker Satellie P55T med 4K-skärm

En högupplöst och fabrikskalibrerad skärm är huvudnumret i Toshibas senaste Satellite P55T, som i övrigt påminner om en vanlig 15,6-tummare i mellanklassen. Läs mer

16

MSI:s kommande moderkort i Z97 Gaming-serien läcker ut på nätet

Den stundande lanseringen av Intel Haswell Refresh ackompanjeras av nya moderkort med styrkretsar i 9-serien. Nu avslöjas att MSI förbereder en mängd nya modeller i Gaming-serien. Läs mer

61

Google Project Ara till konsumenter våren 2015

Under en utvecklarkonferens avslöjar Google planerna för den första modulära telefonen enligt konceptet Project Ara, som väntas vara redo för en konsumentlansering inom ett års tid. Läs mer

44

Quantenna med 10 gigabit per sekund trådlöst nätverk under 2015

Medan morgondagens routrar för 802.11ac får en total bandbredd på 1,7 Gbps utlovar Quantenna Communications hastigheter på hela 10 Gbps redan under 2015. Läs mer

60

Oculus VR säljer 85 000 exemplar redan innan konsumentlanseringen

Många vill experimentera med virtuell verklighet och glasögonen Oculus Rift. Sedan den första prototypen har hela 85 000 exemplar sålts till utvecklare och entusiaster. Läs mer

63

Googles nya användaravtal bekräftar automatisk avläsning av e-post

Efter hård kritik och pågående rättsfall i USA förtydligar Google användaravtalet för Gmail, där det tydligt framgår att ett automatiskt system analyserar all e-post. Läs mer

37

Lian Li förhandsvisar PC-V2130

Många entusiaster minns säkert Lian Lis forna flaggskepp PC-V2100 från år 2005. Nu förhandsvisar bolaget en uppfräschning av ursprungsdesignen, som får ett omarbetat inre. Läs mer

37

Truecrypt-granskning hittar inga bakdörrar

Det populära krypteringsprogrammet Truecrypt innehåller inga bakdörrar eller andra avsiktliga svagheter, men däremot förekommer både buggar och slarvfel. Läs mer

25

Intel prisdumpar Bay Trail-T i Kina

I jakten på en betydelsefull marknadsandel inom surfplattor år 2014 dumpar Intel priset på Bay Trail-T, som nu ställs mot kinesiska Allwinner och Rockchip. Läs mer

Skribent
Emil Åkered
Videoartiklar

Macintosh fyller 30 år

För trettio år sedan lanserade Apple den första Macintosh. Detta firas med en video där några av användarna berättar om upplevelserna med Apples revolutionerande datorsystem.
Läs mer

Tv-belysning med Lightpack

Dynamisk bakgrundsbelsyning blir allt populärare och marknaden fylls snabbt av alternativ för såväl skärmar som tv-apparater. SweClockers tar en titt på Kickstarter-finansierade Lightpack.
Läs mer

NZXT H440

Plastpaneler och 5,25-tumsenheter är ett minne blott när NZXT stuvar om i den nya datorlådan H440. Nu tar modellen plats i SweClockers testlabb.<br />
Läs mer

Nvidia Tegra K1 med tesselering

Nvidias stora lansering för årets upplaga av CES är den mobila plattformen Tegra K1. Under mässan passar företaget på att demonstrera nykomlingens kapacitet.
Läs mer

USB-minnen med Superspeed

Det vankas semestertider och givetvis ska filerna hänga med på resan. SweClockers sätter tänderna i nio olika USB 3.0-minnen med 16 GB lagringsutrymme.
Läs mer

Sök jobb