Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

24

Speltoppen vecka 16

The Elder Scrolls Online får stå tillbaka när Diablo III: Reaper of Souls tar över förstaplatsen i den svenska speltoppen. Samtidigt inkommer nya siffror från den senaste generationens spelkonsoler. Läs mer

64

"Pentium Anniversary Edition är en AMD-dödare"

En lågt prissatt processor från Intel med god överklockningsmarginal kan slå hårt mot AMD, särskilt bland hemmabyggare och entusiaster. Läs mer

10

ARM: "Övergången till 64 bitar accelererar"

Brittiska ARM berättar att övergången till 64-bitars processorer för mobila enheter går i ett allt snabbare tempo och de kommande systemkretsarna har fördelar även med dagens mjukvara. Läs mer

24

Raijintek släpper Morpheus för grafikkort på upp till 360 W

Under parollen designad i Tyskland och tillverkad i Taiwan släpper uppstickaren Raijintek en ny bjässe till grafikkortskylare med hela tolv värmeledningsrör. Läs mer

115

Säpo vill ha trojaner för avlyssning av datorer

Dagens verktyg räcker inte till för att hålla jämna steg med brottsligheten, menar Säkerhetspolisen, som nu vill kunna använda spionprogram för att avlyssna datorer. Läs mer

15

Nvidia Shield 2 med Tegra K1 på Antutu

Den handhållna spelkonsolen Nvidia Shield kan vara på väg att få en uppföljare. En ny version med systemkretsen Tegra K1 dyker upp i databasen för prestandatestet Antutu. Läs mer

63

Geforce Titan Z i handeln innan månadsskiftet

Nvidia har siktet inställt på prestandatronen med nya Geforce GTX Titan Z, som dyker upp i slutet av månaden. Potentiellt rekordhög prestanda kombineras med en hårresande prislapp. Läs mer

90

Rekordår för nordisk spelförsäljning – digital distribution tar över

För första gången någonsin kan Dataspelsbranschen redovisa siffror över den digitala spelförsäljningen i Norden, som nu omsätter mer än den traditionella butiksförsäljningen. Läs mer

48

Recension: Silverstone Raven RVZ01

I väntan på Steam Machines tar Silverstone sikte på vardagsrummen med den nya datorlådan Raven RVZ01, som trots kompakta mått ska kunna husera ett fullfjädrat gamingsystem. Läs mer

7

Toshiba och Sandisk gör flashminne i 15 nanometer

Två minnesjättar tillkännager produktionsstarten av NAND-flashminne i 15 nanometer, som ska användas i allt ifrån smarta telefoner till SSD-enheter. Läs mer

34

Priserna på DRAM-minnen väntas stiga under tredje kvartalet

Branden i SK Hynix fabrik, skiftat fokus mot mobila enheter och konsolidering väntas tillsammans med säsongsvariationer bidra till ökade priser av DRAM-minnen under årets tredje kvartal. Läs mer

38

Japan Display tillkännager 4K-skärm för surfplattor i tiotumsklassen

Högre upplösning står på dagordningen när Japan Display presenterar en ny 4K-upplöst skärmpanel för surfplattor, denna gång i den mer lätthanterliga storleksklassen på tio tum. Läs mer

30

Microsoft släpper Remote Desktop Preview för Windows Phone 8.1

Kort efter lanseringen av Windows Phone 8.1 följer Microsoft upp med en förhandsversion av Remote Desktop, som låter användare fjärrstyra sin Windows-dator med mobiltelefonen. Läs mer

9

Linksys lovar skaka fram öppen källkod till WRT1900AC för OpenWRT

Den nya trådlösa routern Linksys WRT1900AC marknadsförs för öppen källkod och OpenWRT, men det stämmer inte riktigt med verkligheten. Nu lovar tillverkaren att uppfylla alla löften. Läs mer

Skribent
Emil Åkered
Videoartiklar

Nvidia Tegra K1 med tesselering

Nvidias stora lansering för årets upplaga av CES är den mobila plattformen Tegra K1. Under mässan passar företaget på att demonstrera nykomlingens kapacitet.
Läs mer

Silverstone Fortress FT04

Taiwainesiska Silverstone återvänder till en mer klassisk tower-design med sitt senaste Fortress-chassi FT04. Denna gång satsar företaget på hög luftgenomströmning samt låg ljudnivå.
Läs mer

Sök jobb