Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

2

SweClockers Julkalender 2014

På söndag är det dags för den första luckan i SweClockers alltid lika populära julkalender, som i år fylls med både tävlingar och erbjudanden. Läs mer

1

LG förbereder Surface-liknande hybriddator

Elektronikjätten LG vill ha större framgångar på marknaden för surfplattor och riktar nu blickarna mot kategorin hybrider, där de uppges planera en modell liknande Microsofts Surface Pro. Läs mer

36

Googles dominans på sökmarknaden ska granskas av EU

Sökmotorjätten Googles dominans är någonting som oroar EU. Parlamentet godkänner nu en resolution som syftar till att öka konkurrensen på sökmotormarknaden. Läs mer

50

Större mobiltelefoner ersätter surfplattor

Från en explosionsartad tillväxttakt är försäljningen av surfplattor på väg nedåt. Nu talar en ny undersökning för att boven i dramat är smarta telefoner, som får allt större skärmar. Läs mer

44

Valve gör stor rea inför Black Friday

Imorgon drar Black Friday igång och inför den stora shoppingdagen tjuvstartar Valve med en stor rea på fler än 5 000 speltitlar. Läs mer

57

Ubisoft ber om ursäkt för trasigt Assassin's Creed: Unity – ger bort kommande DLC

Ubisofts vd ber om ursäkt för den buggiga lanseringen av Assassin's Creed: Unity. Som kompensation blir kommande DLC-materialet Dead King's kostnadsfritt och köpare av Season Pass kommer få ett gratisspel. Läs mer

40

Recension: Galax Geforce GTX 970 OC

Med nytt varumärke och sikte på formfaktorn Mini ITX tar forna KFA2 steget ut på marknaden med en slimmad minsting. SweClockers sätter Galax Geforce GTX 970 OC på prov i testlabbet. Läs mer

25

Phanteks presenterar slimmade processorkylare för kompakta datorer

Den som är ute efter ett kompakt och dessutom högpresterande datorsystem får fler alternativ när Phanteks introducerar två nya slimmade processorkylare för exempelvis HTPC. Läs mer

124

Rykte: AMD Radeon R9 380X i prestandatest

Vad som tros vara det första prestandatestet på AMD:s nästa generation grafikkort hittar ut på nätet, där det talas om både högre prestanda och energieffektivt mot Nvidia Maxwell. Läs mer

95

Windows 10 får FLAC-stöd

Microsoft fortsätter arbeta på ett bredare inbyggt mediastöd i Windows 10. Nu framgår att videoformatet MKV får sällskap av FLAC. Läs mer

78

Hårddiskindustrin förutspår mekaniska enheter på 100 TB till 2025

SSD-enheternas framfart innebär inte slutet för mekaniska hårddiskar, som fortsatt väntas ha ett övertag prismässigt. Nu förutspås enheter på hela 100 TB till mitten av nästa decennium. Läs mer

78

Vinn 5 000 kronor presentkort på CDON i Black Friday-tävling

  • Tävling
  • Igår 09:38

Många ser fram emot shoppingdagen Black Friday och så även CDON.com, som nu drar igång en ny tävling för alla medlemmar. Den som först löser gåtan kammar hem ett välfyllt presentkort. Läs mer

100

SSD-enheter ikapp och förbi hårddiskars lagringstäthet

Ytterligare en milstolpe passeras när nya och rymligare SSD-enheter springer förbi de traditionella hårddiskarna i lagringstäthet. Senast ut är åtta terabyte i 2,5-tumsformat. Läs mer

23

AMD: "Surfplattor ingen prioritet"

Efter flera försök kastar AMD in handduken och överger tillsvidare marknaden för surfplattor. Istället lägger bolaget all energi på traditionella bärbara datorer och på sikt hybrider. Läs mer

Sök jobb