Att vika proteiner med Folding@home är en nobel sysselsättning bland entusiaster, där många investerar tusentals kronor i dedikerade riggar. Intresset är därför stort runt vilken hårdvara som lämpar sig allra bäst, speciellt när det kommer till moderna grafikkort.

Prestandatester har dock försvårats avsevärt av faktorer som oklara riktlinjer och att operationerna tar väldigt lång tid, där framför allt det sistnämna är en avgörande punkt. Resultatet har blivit att Folding@home i stort lyser med sin frånvaro när det kommer till större jämförelser.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Nu finns det dock en lösning på problemet – officiella prestandatestet Folding@home Benchmark eller FAHBench. Programmet utför på relativt kort tid samma typer av beräkningar som vid proteinvikning, och kan därmed skilja agnarna från vetet när entusiaster jagar hårdvara till nästa supersystem.

Mjukvaran har stöd för fyra olika lägen och kan köra samtliga tester över OpenCL. Beräkningar kan hanteras explicit eller implicit, där skillnaden i korthet handlar om vilka parametrar som löpande tas hänsyn till. Förutom det kan singel- eller dubbelprecision väljas, kort och gott hur precisa tal som hanteras för flyttalsberäkningar.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Vissa problem finns dock. Resultatet redovisas i smått obskyra "nanosekunder per dag", vilket är svårlänkat till traditionella Folding-måttet "Points Per Day (PPD)". Enligt användare på officiella forumet är kopplingen att varje så kallad "Work Unit" innebär delar av en simulering, vilken i sin tur representerar händelser under ett visst antal nanosekunder. Resultatet 20 ns/dag innebär alltså att 20 nanosekunder av en viss proteinvikning tar 24 timmar att beräkna.

..a WU is a part of simulation which is representing a certain amount of time. For example, a 1 000 ns simulation divided in 100 WU will make a single WU represents 10 ns. If you're folding one WU per day, you'll produce 10 ns/day ... two WU per day, 20 ns/day..

Summan av kardemumman är att ett högre värde på nanosekunder per dag innebär högre potential för proteinvikning. Värdet kan dock inte översättas rakt av till ett visst antal poäng per dag, där spelar andra faktorer in – till exempel hur komplex simuleringen är.

KomponentModell
ProcessorIntel Core i5-4670K
ModerkortMSI Z87-G45 Gaming
Minne8 GB Corsair Vengeance, 1 600 MHz, 9-9-9-24
Grafikkort
  • Gigabytes GTX 760 OC WF3X
  • Nvidia Geforce GTX Titan
  • Nvidia Geforce GTX 780
  • Nvidia Geforce GTX 770
  • Nvidia Geforce GTX 760
  • Nvidia Geforce GTX 680
  • Nvidia Geforce GTX 580
  • Nvidia Geforce GTX 480
  • AMD Radeon HD 7970 GHz
  • AMD Radeon HD 7950 Boost
  • AMD Radeon HD 7870
  • AMD Radeon HD 6970
  • AMD Radeon HD 5870
LagringSamsung 840 250 GB
NätaggregatBe Quiet Pure Power L8 630 W
SkärmAsus PB278Q
OperativsystemWindows 8 Enterprise 64-bit

Som bas används SweClockers sommardator 2013, vilken med Intel Haswell och fabriksöverklockat Geforce GTX 760 under huven innebär lagom med prestanda för de allra flesta. För att ge ytterligare kött på benen varieras grafikkortet med ytterligare tolv modeller, allt från flaggskeppet Geforce GTX Titan till mer måttliga Radeon HD 7870.

Drivrutinerna är senast tillgängliga från respektive tillverkare, vilket innebär Geforce 326.80 Beta för Nvidia samt Catalyst 13.10 beta för AMD. Observera att AMD-varianten av allt att döma visar aningen lägre prestanda jämfört med äldre versioner, dock med förbättrad stabilitet där alla deltester går igenom.

Resultat med SweClockers sommardator 2013

Först ut är en uppsjö resultat med SweClockers sommardator. Grafikkortet från Gigabyte är överklockat direkt ur kartong, och processorn testas dels i standardfrekvens, dels överklockad till 4,2 GHz för att ge extra spelrum. Inställningarna som testas är samtliga fyra alternativ mjukvaran erbjuder.

i5-4670K (3,4 GHz)i5-4670K (4,2 GHz)GB GTX 760 OC WF3X
Explicit, SP3,63 ns/dag4,16 ns/dag31,87 ns/dag
Implicit, SP3,78 ns/dag4,36 ns/dag120,28 ns/dag
Explicit, DP2,47 ns/dag2,83 ns/dag4,76 ns/dag
Implicit, DP2,33 ns/dag2,71 ns/dag6,38 ns/dag

Med de första resultaten i hand är det tydligt att proteinvikning gör sig bäst på grafikprocessorer. Trots en modern processor ur generation Haswell är sommardatorns fabriksöverklockade Geforce GTX 760 betydligt snabbare – över 30 gånger vid implicita beräkningar med singelprecision.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

Vid singelprecision är det helt klart Nvidias Kepler-arkitektur som tar ledningen, med mäktiga Geforce Titan bekvämt parkerat i toppen. Bland AMD:s modeller hamnar föga överraskande Radeon HD 7970 GHz överst, med rejäl marginal till föregående flaggskepp Radeon HD 6970. Det har helt klart hänt en del på beräkningsfronten.

  • Bildspel
  • Bild 1 av 2
  • Diagram
  • Diagram
  • Bildspel
  • Bild 1 av 2

För dubbelprecision kastas tabellen runt ordentligt. Radeon HD 7970 GHz klättrar upp till en övertygande andraplats, endast övertrumfat av Geforce Titan i kortets speciella läge för just dubbelprecision. Intressant är också att både Geforce GTX 580 och GTX 480 klättrar förbi modernare Kepler – de sistnämnda faller rejält i tabellen med mer exakta tal att hålla reda på.

Officiella prestandatestet för Folding@home finns att ladda ned från en separat webbplats. Mjukvaran baseras på projektets senaste kärna, FAHCore 17.

Vik proteiner med Folding@home

Folding@home är ett projekt vid amerikanska Stanford University, som syftar till att använda outnyttjad datorkraft för att beräkna hur proteiner viker sig. Målet är att finna vägar hur allvarliga sjukdomar som Alzheimers uppstår och kan botas. Sammanlagt har forskarna publicerat över 100 vetenskapliga artiklar med upptäckter från beräkningsprojektet.

Snabbtest: Prestanda i Folding@home

Utöver forskning innehåller projektet även ett tävlingsmoment för att uppmana till fler deltagare. Det enda som krävs för att vara med är att installera ett litet klientprogram som kan utnyttja allt ifrån flerkärniga processorer till grafikkort och spelkonsoler för att vika proteiner. Hjälp till du med!

Instruktioner

  1. Ladda ned den officiella Folding-klienten.
  2. Installera och starta programmet
  3. Välj ett användarnamn
  4. Ange lagnummer (team number) 37451 för att gå med i SweClockers lag

Mer information om Folding@home finns i forumet.

Fotnot: Även om processen för Folding@home i normalfall körs med låg prioritet innebär den konstant hög belastning av datorsystemet. Det är därför viktigt att hålla koll på kylning och temperaturer för att undvika instabilitet.

15

AMD Tonga blir Radeon R9 285

Först ut med den nya grafikprocessorn Tonga blir minst en ny modell i den övre mellanklassen. Radeon R9 285 tar vid när den åldrande Tahiti går mot pension. Läs mer

31

Nvidia fyrdubblar upplösningen i VR-headset genom stapling av LCD-paneler

Genom att stapla två billiga LCD-paneler går det att fyrdubbla upplösningen och samtidigt ge högre uppdateringsfrekvenser i VR-headset, visar forskning från Nvidia. Läs mer

44

Silent Powers fläktlösa dator med kopparskum når prototypstadiet

En första prototyp av den passivt kylda datorn med kopparskum från Silent Power är nu färdig och inom kort utlovas de första prestandatesterna. Läs mer

40

Motorola Shamu är Google Nexus-telefon

Nya uppgifter gör gällande att Google under hösten lanserar en ny Nexus-telefon i samarbete med Motorola. Samtidigt talas det om en oviss framtid för Android Silver. Läs mer

48

Intel Haswell-E får fastlödd värmespridare

Merparten av Intels processorer använder kylpasta mellan processorkrets och värmespridare, men i entusiastklassen och Haswell-E är det fortsättningsvis en fastlödd lösning som gäller. Läs mer

12

Intel visar passivt kylda hybriddatorer med Broadwell på IDF 2014

Lagom till julhandeln väntas de första hybriderna med arkitekturen Broadwell hitta ut i butik och redan under Intel Developer Forum i september väntas flera modeller bli tillkännagivna. Läs mer

1

Webhallen auktionerar ut Playstation 4 – Gaystation Edition under Pride

Återförsäljaren Webhallen deltar i årets Pride-firande genom att auktionera ut en specialutgåva av Playstation 4, där intäkterna oavkortat kommer gå till RFSL Newcomers. Läs mer

24

Crytek uppges vara ekonomiskt säkrat

Från att ha varit på väg mot en ekonomisk härdsmälta meddelar Crytek att bolagets finanser är säkrade både på kort och lång sikt, men detaljer om vad som inträffat framgår inte. Läs mer

265

Recension: Asus ROG Swift PG278Q

Få skärmar är lika omtalade som nya Asus ROG Swift PG278Q, där en ovanlig kombination egenskaper för gaming är det stora dragplåstret. Nu är dags att sätta nykomlingen på prov i SweClockers testlabb. Läs mer

37

AMD sockel FM2+ med DDR3-minne kan leva kvar till 2016

Förväntat höga priser på DDR4-minne och hoppet om staplat minne gör att AMD kan fortsätta använda sockel FM2+ med DDR3 hela vägen fram till år 2016. Läs mer

140

Google köper Twitch

Efter en längre tids tystnad framgår av nya uppgifter att Googles Youtube-division tecknat ett avtal för att köpa den växande videoströmningstjänsten Twitch. Läs mer

65

DDR4-minnen hos svenska datorbutiker

Inför lanseringen av Intel Haswell-E och tillhörande plattformar anländer de första minnesmodulerna enligt den nya standarden DDR4 till svenska återförsäljare. Läs mer

60

Steam Controller utrustas med styrspak

En bild från den senaste betaversionen av Steam-klienten avslöjar att nästa revision av handkontrollen Steam Controller begåvas med styrspak. Läs mer

58

Nintendos svenska distributör drabbas av stöld i mångmiljonklassen

I en kupp mot Nintendos svenska distributör, Bergsala AB, har rånare kommit över spelkonsoler och spel till ett värde av uppemot 20 miljoner kronor. Läs mer

Sök jobb