Byte av hårddisk / CPU kylare - tips?

Köpte idag en ny HDD samt CPU kylare som jag tänkte installera imorgon, och har lite frågor ang det smidigaste sättet att göra detta.

För HDD:
Är det någon nackdel att ha kvar min gamla hårddisk i datorn? Den nya har mycket bättre läs/skrivhastighet, så tänkte installera OS och köra det från denna istället (för snabbare uppstart osv..?), men vill ha kvar den gamla för alla bilder / programmeringsprojekt osv. Iallafall tills jag kopierat över allting.

Hur görs ett sånt här HDD byte smidigast? Kan jag flytta windows installationen på något sätt? Jag har annars skivor någonstans, som jag borde kunna leta fram.. Hur sätter jag i så fall den "primära" hårddisken? Dvs om jag har två hårddiskar som båda har Windows, hur väljer jag vilken det ska köras från?

För CPU kylar bytandet:
Jag har hört att man skall använda aceton för att ta bort kylpasta från tidigare kylare. Något mer man bör tänka på?