Lång tid för moderkortet att hitta min mekaniska HDD vid uppstart?

Du borde inte köra IDE mode på SATA-hårddiskar. Byt till AHCI så kanske ditt problem löser sig samtidigt. Bootar du Windows från en av hårddiskarna du byter SATA mode på följer du den här guiden så att du slipper installera om Windows.
https://bengansblogg.wordpress.com/2010/11/25/sla-till-ahci-m...

Hur gammal är den mekaniska hårddisken? 640 GB säger att den har några år på nacken, eller?

Hard Disk Senitel kan kolla hur din disk mår. Det finns en "Limited Trial" och jag tror den fungerar i 30 dagar. http://www.hdsentinel.com/

Kanske helt enkelt dags att byta ut den mot en ny?

Låter exakt som de symptomen en disl brukar få innan den rasar för mig. Kolla diskens hälsa med T. ex Crystaldiskinfo.. Kanske läge att byta ut den mot en ny.

En annan möjlighet är att lödpunkterna på SATA-porten torkat ut och börjat släppa, så har du någon annan SATA-port ledig så kan du testa att byta till den istället och se om det blir någon skillnad.

Ajaj! Det är skadade sektorer på disken.. Jag skulle ha den snurrandes så lite som möjligt om det är något viktigt på den. Det säkraste är att koppla ur den tills du skaffat en ny disk och se'n koppla in den igen och kopiera informationen till den nya, men den disken är rena lotteriet att ha igång om du är rädd om datan på den. Stäng också genast av defragmentering och sådant om du har det påslaget, då det garanterat gör saker värre i det här läget.

Edit: Ser dessutom att det är en Seagate.. Nu är kanske jag inte representativ men jag har aldrig haft en Seagate-disk som klarat sig över 10 000h i drift.. De går sönder fort.

Jag hade på känn att det var hårddisken som började ge sig, när moderkortet får problem att hitta disken.

Crystal Disk Info varnar för att diskhälsan är dålig, precis som HD Sentinel gör. Jag hade bytt den omgående...

Ja, det kommer funka, men du får ju inte ut SATA3-hastighet på den.

Har du Windows 7 eller senare behöver du inget optimeringsprogram då TRIM-kommandot stöds av operativet, och SSDerna så att säga optimerar sig själva. För diagnostik använder jag Crystaldiskinfo. Huruvida det är lätt att förstå eller ej vet jag inte rent objektivt men jag tycker det är rätt självförklarande.

Varför köper du en SSD till? Du har ju redan en snabb disk som du startar upp på och väljer du en 250 GB, så kommer du sakna utrymme inom en snar framtid. Mitt förslag är att du köper en 2 TB, eller 3TB för samma peng. Men som sagt, det är vad jag hade gjort.

+1 på den, har snart klarat mig 3 år utan några större problem på min 256gb SSD efter jag plockade ur min 1tb HDD som aldrig blev använd!

Spelen börjar dock ta lite större plats nu så ska antagligen inom en snar framtid investera i en 512gb SSD för min steam katalog och diverse spel.

@Izak80: Whoa! 6% drive health!

Om du vill ha ut något mer från den disken så föreslår jag att du kopierar ut det omedelbart.

Jag har exempel på båda. Men dock verkar Seagate bli sämre än andra tillverkare när man går över 1TB. Inte exakt, inte alla modeller, men överlag.

Gamla 40/80GB har jag hemma med över 65kh, utan ett tecken på problem än. Sen har jag nyare 1-2-3 TB som aldrig ens når 10k timmar. Det finns de som gör det, men förr överlevde alla diskar 10k timmar, bara de överlevde barnsjukdomarna. Nu kan de överleva första barsjukdomarna bara för att dö vid 10k timmar istället. Det är där skillnaden verkar vara. Just att de verkar ha en 3:e "död" period som ligger runt 10-15k timmar. Överlever de den så håller de resten av evigheten.

Är dock intressant att se SMART data på vissa Seagate diskar, för de får ofta många skadade sektorer väldigt tidigt, och sen tuffar de på som inget hänt. Precis som där är många defekter redan från fabrik som den bara ska "märka upp".

Man märker oftast det först när man är över 100+ omflyttade sektorer och saker och ting inte fungerar att läsa längre (viktiga filer eller partitions info tex).
Disken kan dock fungera hur bra som helst i övrigt, och man kan ofta köra väldigt långt med dessa diskar, där SMART säger "OK" för att nästa dag ha läsfel över halva disken med 100-tals skadade sektorer som den sakta byggt upp.

Då har du 2 till som stämmer med den teorin.

Visst kan dessa diskar fortsätta användas som vanligt, så länge de inte får mer läs fel, men de är "tekniskt sett" defekta från fabrik. Sektorerna har bara inte blivit omflyttade än när du köper den.
Normala "svensson" märker dock aldrig detta, och använder den som vanligt i 2+ år till när garantin gått ut.