Seagate Constellation är ju en Enterprise klassad disk. De är inte gjorda för att spinna upp vidare ofta, eller snabbt.
Kan vara så att din dator bootar lite för fort och disken inte hinner komma igång i tid. Det går ofta att sätta lite delay på BIOS boot så att alla diskar hinner "hittas". Det låter lite konstigt att det är just vid omstart dock, då detta fel brukar ske mer ofta vid sk "kall boot".
Troligen så har Samsung mjukvaran gjort en sk "hårdvaru update" och testat om där fanns ny hårdvara, och då har även Windows hittat din mekaniska i samma veva.
Om du kollar SMART värdena med tex Crystal Disk Info. Där brukar vara ett värde som heter något i stil med "Spin up time". Kan du kolla hur den ligger till på den bråkande HDDn? (Ska vara ett tröskelvärde, ett "värsta" värde och ett nuvarande värde.
