Saker jag vet:
Mer än 8 bitars färgdjup per kanal (kommer i "nästa version" (2.10) av Gimp som varit på gång i många år; den är på gång, men det är en större omskrivning, så den tar sin tid).
CMYK-stödet är rätt rostigt för närvarande (också något som ska lösas med 2.10), så ställer man professionella krav på färgåtergivning vid tryck så är den biten osmidig (går att fixa och automatisera via plugins, men vore bättre om det var en fundamental del av programmet).
Färre tredjepartsinsticksprogram.
I övrigt är min bild att den största skillnaden är att det "inte är Photoshop", vilket irriterar många som är vana vid det senare (att så många är vana vid Photoshop är i sig en "gåta" då programmets pris ligger en bra bit utanför vad gemene man lägger på mjukvarulicenser, men låt oss inte utforska detta alltför mycket). Verktygen har generellt motsvarigheter, men det är ingen perfekt mappning.
Gimp började utvecklas för snart 20 år sedan och har gått en egen väg i utformningen av programmet, så det är vissa designval som är fundamentalt annorlunda än i vissa andra program. Precis som man kanske lärt sig hur andra program valt att lösa saker så kan man behöva lära sig hur Gimp löser saker.
Jag skulle också säga att Gimp är mer av en "ren" redigerare än Photoshop, som flirtar lite med bildskapande; faktum är att många verkar använda Photoshop som ett ritprogram. Det går att rita från grunden med Gimp, men det är egentligen fel verktyg, så för det rekommenderas exempelvis Inkscape i stället.