Ny DAC, frågor om brus och USB vs Toslink

Det är ingen skillnad i kvalité mellan USB och S/PDIF; båda är digitala. "Digitalt ljud -> omvandlar till optiskt" saknar vettig betydelse: Den optiska signalen är precis lika digital och skiljer sig bara från en elektrisk signal genom att den skickas som ljus.
Det spelar ingen roll vad moderkortet har för ljudkrets då det är din STU som agerar DAC. Den integrerade ljudkretsen är aldrig inblandad.

Skillnaden är vars bruset tar vägen, optiskt är inte elektriskt ledande och därför kan inte bruset från datorn ta sig in till dacen utan det är bara musiken. Däremot finns det också galvaniska isolatorer till usb vilket också skulle göra att bruset inte kommer in i dacen.
Varje teknik har sina svagheter, men om du inte har riktigt extrema prylar så är det bara att köra på.
Notera att bandbredden är begränsad på spdif, men kör du bara stereo så är det inget problem alls

Låter som jordningsproblem med datorn. Och att det inte skulle vara skillnader, ja, i själva gränssnitten finns ju inga betydande skillnader för stereoljud, däremot har många ljudkort riktigt dåliga behandlingssätt som manglar om och samplar ljudet hit och dit innan dom släpper det till optiska porten. Prova en galvanisk isolator först eller red upp jordproblemen i din dator(vissa hävdar även att STU'n har jordproblem)

Jordningsproblem kan ge alla möjliga versioner av brus, 50 Hz är bara en av dom vanligaste som är väldigt lätt att identifiera. Ett system som är korrekt jordat är mycket mindre känsligt för störningar, men i ditt fall om musen påverkar så är det stor sannolikhet att bruset ligger på datorns jord och då är galvanisk isolering enklaste svaret på frågan även om det säkert skulle bli bättre med korrekt jordning men det är inte är helt enkelt alla gånger...

Sent svar

Det är noll skillnad mellan USB och Optiskt rent ljudmässigt som dina egna öron kan höra. Det som sedan skiljer är vart i kedjan som ljudet behandlas och vilken uppsampling som utnyttjas, vissa hanterar enbart 24/96 via USB medan andra gör 24/192, om det är asonykrymt, hur mycket jitter som filtreras bort med mera. Dyrare produkter har bättre komponenter som tacklar alla dessa problem fast efter en viss prisnivå anser jag själv det handlar mer om märket i sig och mindre om vilka tekniker som utnyttjas.