Hjälp en amatör med hårddiskar

Förmodligen så har du lagt din bootpartition (den dolda på 100 MB) på den andra disken. Kolla i diskhanteraren om det stämmer.

Har du windows (antar jag...) installerat på bägge hårddiskar? (och i så fall, varför?)

Växla mellan kablarna på diskarna (inte på moderkortet) och se vad den väljer då om du inte kan välja i BIOS?

Om du ska spara filmer m.m. på 1 TB så behöver du inte Windows på den disken, räcker bra med ett operativsystem för att få datorn att rulla

Ta den disken du vill installera, koppla ur den andra disken. Formatera disken och installera om windows. Sen ska det nog fungera!

vilken disk bootar den med då? Eftersom den bara rebootar med 1tb

Den första lilla partitionen innehåller det som sedan kan starta upp en windowsinstallation på vilken hårddisk som helst.
Den andra hårddisken innehåller ur BIOS synvinkel inget som kan starta upp ett operativsystem.

Det går att ändra (gick åtminstone förr med upp till windows XP/2003) utan att ta bort nuvarande windows.
Men du säger själv att du inte är kunnig så jag vill först höra varför du så gärna vill att det ska vara som du vill.
Gör man fel så blir det i bästa fall något som kan fixas om man startar upp en linux live-cd, i värsta fall får man ominstallera för att få ordning på det. Så inget jag på frihand vill ge mig in på att guida.

Jag tror han undrar om du tror att du måste installera ett operativsystem (e.x. Windows) på vardera hårddisken. Så är det inte, det räcker med en installation för hela datorn.