Alternativ disk vägrar boota

Hej!
Jag har länge kört med 2 olika OS på datorn som har legat på separata diskar, och när jag har velat byta mellan dem så har jag ändrar prioritet i BIOS och det har funkat hur bra som helst tills igår kväll.
Den som jag använder mest är C: som är en SSD och den andra är en mekanisk som har beteckningen F: . Båda är windows 7 64-bit.

Jag gick in i BIOS och ändrade så att datorn skulle boota från F: men när jag sparar och startar om så bootar datorn konstigt nog från SSD'n. Jag gör om allt för att kolla så jag inte gjorde något fel men i BIOS står det att den ska boota från F: men den gör inte det. Efter många omstartanden så blir jag sur och tar ur SSD'n för att se vad som händer och då kommer datorn endast till en svart skärm med ett blinkande streck uppe vänstra hörnet. Låter som en krasch eller nått men när jag bootar med C: och i Utforskaren går igenom F: så har jag inga problem att komma åt filer osv.

För mig låter det som att det är något strul med boot-filerna på F: men jag har inte gjort några uppdateringar på den disken på säkert en vecka, inte installetat något på disken heller så jag har inte den blekaste aning om vad som skulle kunna ha orsakat det hela. Men hur löser vi detta? Jag vill gärna inte behöva formatera om hårddisken om det inte är absolut nödvändigt så går det att göra en system repair från C: till F: eller liknande?