mini-itx moderkort + kontroller

Tjabba gott folk, tänkte köpa antingen intel eller amd rigg av modell mini-itx. Det är ju en pci-e port som jag tänkte trycka i ett riktigt kontrollerkort i av modell LSI. Frågan är hur stor är chansen att ett sådant kkort kommer att fungera på ett sådant moderkort. Någon som har testat?