montera grafikkortet i andra pcie sloten?

Håller på att snickra ihop mitt nya bygge här och när jag sätter grafikortet i första pcie sloten så får inte min vatten kylare plats så undrar därför om det funkar lika bra att sätta det i andra slotten istället för då får jag tillräckligt med utrymme för kylaren. Moderkortet är ett asus maximus VI gene. Chassi. Bitfenix Phenom och grafikortet är ett gtx 780 med referens kylaren. Detta är ju då mAtx. Vatten kylaren är en corsair h60.