ska sata 3 fungera som sata 6

Ska bara vara att koppla in.
Hängde inte riktigt med när SB släpptes så har ingen koll exakt vad problemet var med SATA portarna på de första moderkorten som kom så vet inte om det är de som är orsaken till att du har problem.

Och för övrigt så är Sata3 = Sata 6Gbps
Vilket moderkort har du och vilken port sätter du din SSD i? De flesta Sandy Bridge brädor har Sata3 portar både från Intel och från Marvell och Marvell portarna ska du hålla dig borta från.

Nu blir jag förvirrad...
Är det portarnas namn som är SATA3 / SATA6?
Det är precis som TiasE säger, SATA3 (som standard, inte portnamn) är SATA 600Gbps, finns mig veterligen ingen SATA6 standard (än).
Du bör ha ett antal SATA2 (dvs 300Gbps) portar på mobot liksom några SATA3 (=600Gbps).
SATA3 ska ju vara bakåtkompatibelt, så (i teorin) ska det inte vara något problem att koppla in äldre SATA-prylar på dem, men det är väl som vanligt att bara för att det ska fungera i teorin kanske det inte alltid gör det i verkligheten

Det kan inte vara så att drivrutinen för kontrollerkortet för antingen Intel eller Marvel inte är installerat? Beroende på vilken port du har kopplat disken.