Beror tempen på vilken port man använder i CF?

Kan inte svara om portarna, men jag har också två 6870 (XFX), och primärkortet är mycket varmare än sekundärkortet. (t.ex 70/60 eller 65/55.)
Jag antog/antar att det dels beror på att primärkortet har sämre luftflöde (3 cm glipa mellan korten hjälper inte), samt att medan sekundärkortet får suga i sig "sval" luft, så får primärkortet nöja sig med att suga in den redan uppvärmda luft som sekundärkortet ger i från sig. (värme går uppåt och allt det där.)
Fick dock bättre temp på primärkortet när jag installerade en sidofläkt som blåser rakt in i glipan mellan korten.

Primärkortet blir inte varmare än sekundärkortet just för att det är primärkortet utan det är bara för att primärkortet sitter över och får sämre luftintag samt drar in den varma luften från kortet under.

Det spelar ingen roll vilket kort som är primärt/sekundärt. Det övre kortet kommer alltid att bli varmare, då varmluften stiger från det undre kortet och "träffar" det övre kortet, som helt enkelt blir varmare, då den helt enkelt suger in varmare luft än vad det undre kortet gör.
Detta är en av anledningarna till varför referenskort är att föredra vid SLI/CF - de skjuter ut varmluften ur chassit och sprider inte bara vidare den till övriga komponenter.

Har du problem med överhettning, eller är du bara orolig? Vilka temperaturer ligger korten på?

80*c är ganska högt, men det borde inte vara -för- högt.
Jag körde 6870 CF med XFXs Dualfan-kylare, och jag kom aldrig över 75*c, fast Windforce borde ju vara bättre.
Hur hög fanspeed% har korten när dom är 80*c?
Hur välventilerat är ditt chassi?