Alltså, du bör se till att göra klart förberedelser innan installation (backup, filflyttning etc på den gamla installationen, om du gör sånt. Jag gör typ aldrig backup då jag inte har så mycket data att förlora)
Jag hade korruption i windows och har även strulat med beta/RC och rtm ominstallationer av 7an och det är inte pilligare än att man har koll på vilka partitioner som är vilka. Det är lätt att göra bort sig, så notera använt diskutrymme så du vet när du ska installera.
Du kopplar in den nya hårddisken, bootar installationsskiva eller usb, installerar till den nya hårddiskens partition efter partitionering, bootar in i systemet till den nya hårddisken (ändra bootordning om nödvändigt för du vill nog inte boota in i det gamla systemet igen om du gjort allt rätt) Om du är sån att du inte pallar installera om allt kanske du kan klona diskar.
Hursom, när du är i ditt nya windowssystem kan du rensa upp den gamla installationen om du vill. Hur du gör det vill jag inte säga för mycket om. Jag hade helst tagit bort partitionen, men om du lagrar på den så kanske du vill ta bort alla filer och systemmappar som hör till det gamla systemet (boot.ini, ntldr, windows/ etc) Det är inget som skadar din nya installation.