Om jag minns rätt så har moderkortet en PWR_FAN, som verkar köra fläkten på full fart hela tiden utan möjlighet till styrning. Och så en CHA_FAN1 som använder PWM. Så CHA_FAN2 verkar vara det enda alternativet om du vill styra en 3-pin fläkt.
Hur ASUS Fan Xpert fungerar kan jag inte säga, har aldrig använt det programmet. Däremot så kan du ju ställa in i BIOS hur fläkten ska uppföra sig. Det låter ju som att du bara vill att fläkten ska följa CPU-belastningen, det bör inte vara några konstigheter med att ställa in det i BIOS.
Ett litet tips: om du vill nå någon på forumet, sätt ett @ framför namnet (t.ex. @perost). Då får den personen en notis i "Mina citat", och ser lättare att du skrivit något tillbaka.