Påverkar SSD via PCI-e grafikkortets hastighet?

Nej, det påverkar inte, eftersom grafikkortet använder PCIe-banor från processorn, medan en M.2-enhet använder PCIe-banor från Z170-kretsen. Se blockdiagram.

Edit: Missade att du frågade om en PCIe-SSD. Då gäller att de två första PCIe-platserna kommer gå i x8 om du använder båda samtidigt. Men om du använder den tredje fullstora PCIe-platsen så går den via Z170 och ger då x4, d.v.s. du får då full hastighet på både grafikkort och SSD. Det ser dock ut som att du då förlorar två av SATA-portarna, och att du måste ställa in att den platsen ska ge x4 istället för x2 som den är inställd på som standard. Kolla i manualen, där står det nog utförligare vad som gäller.

Edit 2: Vid närmare eftertanke så skulle jag avråda från att köpa en Intel 750, eftersom Samsung 950 är billigare (per GB) samt presterar bättre vid normal användning. Intel 750 är mer gjord för servrar där man har stora krav på jämn prestanda. Fast egentligen rekommenderar jag ingen av dem om du inte har stora krav på prestandan, annars kommer du inte märka någon större skillnad mot t.ex. en 850 EVO.