Välkommen till gentoo.
Varje ebuild har default useflags som skaparen av ebuilden tycker är vettiga. Vanligtvis är de bra nog. Useflags från din profil kan overridea default flaggorna i ebuilds. Profilen sätter en bunt globala useflags som passar för vad profilen är avsedd för. T.ex. default/linux/amd64/13.0/desktop/plasma profilen sätter qt useflaggan. I stället för att sätta massa globala useflaggor i make.conf försök hitta en profil som gör vad du vill.
Sätter du många useflaggor i make.conf är det risk att du får problem. T.ex. om plasma profilen sätter qt och du sätter gtk själv är det vissa ebuild som inte funkar för de kräver antingen qt eller gtk men inte båda. Useflaggor i make.conf är mer praktiskt för att disablea funktionalitet globalt. T.ex. använder jag -ipv6 i make.conf eftersom jag inte har ipv6 och inte behöver stöd för det i några program. Vissa useflaggor är det aldrig mening att du ska sätta själv utan de ska bara sättas av profiler så se upp med vad du sätter.
Efterhand som du lägger in undantag i /etc/portage/package.* filerna är det bra om du också lägger till kommentarer så du senare vet varför du gjorde ändringen. Det är svårt att minnas ett år senare att ett visst program var buggigt och behöver en speciell flagga eller liknande för att funka.
En annan sak alla nya gentoo användare måste veta är att emerge sync över rsync är osäkert. Rsync har ingen säkerhet så en attacker som kan mitm anslutningen får omedelbart root execution permission. Du måste själv göra en don't-root-my-box opt-in för att få säker sync:
https://wiki.gentoo.org/wiki/Handbook:Parts/Working/Features#...
Gentoo tar inte säkerhet på så stort allvar.