Programmet/viruset verkade lägga filerna i en egen kontainer-fil på USB-stickan och nu när du tagit bort denna program så finns det inget som kan tolka innehållet och strukturen i kontainern, så det kan bli knepigt att plocka ur filerna ur dessa - speciellt om kontainern dessutom är krypterad.
edit: bra att du fick ut filerna, det kunde ha varit värre...
Sedan, för övrigt - USB-stickor och SD-minnen är ingen bra lagringringsform för långtidslagring av filer, se till att ha kopior på dessa filer på en snurrdisk, också....
snurrdisk tillsammans med CD/DVD/BR är det som håller datat oskadat längst tid, all flashmedia av modernt snitt (med MLC och TLC-minne) behöver strömsättas några timmar och helst läsas igenom samtliga filer var 6' månad så att chip-elektroniken kan göra refresh på minnesceller som är tröglästa, innan det tappar datat ohjälpligt.
en sak till - den sämsta flash-minnet som ingen annan vill köpa - hamnar i just USB-minne och SD-brickor och kvaliten är därefter.