Det finns ljuduttag på baksidan på moderkortet i regel - hur är det med dessa - låter dom också illa ??
Om det är relaterat till front-kontakter - så skulle jag följa ledningarna inne i lådan till moderkortet och kolla att de verkligen är anslutna till rätt stift och inte missat på jorden och du hör bara skillnadsljudet mellan höger/vänster sida. felkoppling där kan också innebära att det drabbar andra signalvägar ut som baksidan, till skärmhögtalarer etc. så börja med att koppla ur sladdarna till fronten helt från moderkortet och kolla moderkortets anslutningar baki och se om det blivit bättre.
inom elektronikproduktion och montering så är att kolla att alla lysdioder fungerar (även i olika fellägen) alla signalvägar på olika portar bland det svåraste att få till 100% och väldigt lätt att missa även för en stressad datorbyggare
har du satt ihop själv så är det ännu större risk att någon kontakt hamnade på en stift snett, felvänt eller fel stiftrad och då kommer sådana konstigheter...