Nej, tvärtom. Processorn har 20 st. PCIe-banor där 16 st. normalt används till grafikort och 4 st. till en M.2-port, vilket på det moderkortet är M.2-porten närmast processorn.
Den andra M.2-porten använder istället PCIe-banorna som är till för grafikkortet, så bandbredden skulle halveras för grafikkortet om du använder den. Men jag antar att Ryzen-processorerna med integrerad grafik inte tillåter att man delar på PCIe-banorna på det sättet, så den M.2-porten går inte att använda med en sån processor.