Ah, då är det ju inte helt hopplöst
Som du kanske redan märkt är det ändå en rätt udda kombination, så antagligen inte jättelätt att få några bra svar på frågor relaterade till den setup:en.
Vet att jag tittat på PiGPIO. Det har som du skriver fördelen att fortfarande utvecklas aktivt, men det är ännu ett i raden av bibliotek som envisas att koda specifikt mot RPi i stället för att använda de standardfunktioner som finns i Linux så att det fungerar på alla system som har drivrutiner för GPIO, SPI, etc. Men om det fungerar och det är ett privat projekt: go for it!
Det du kan kika på i något läge är chardev GPIO (standard Linux finess för att hantera GPIO) samt libgpiod (hanteras av kernel.org). Möjligen saknas det Java-bindings för detta, borde faktiskt gå att använda detta helt utan att involvera C-kod via /dev/gpiochip0.
Tillbaka till ditt problem. Är helt med på varför du måste köra på RPi i detta läge, du behöver ju tillgång till HW som typiskt saknas på "vanliga" PC-system. Kan inte hjälpa dig med Eclipse och min Java-fu är rejält ringrostig i det här läget (över ett decennium sedan jag jobbade professionellt med Java).
Men fick igång ett enklare Java-projekt via Visual Studio Code på samma sätt jag kör Rust, C++ och Python: via tillägg som möjliggör styrning från en VSCode på din PC av program som kör på RPi. Även debuggern fungerar!
Det jag använda är ett tillägg med namnet Java Extension Pack. Installera detta på din PC, öppna ett "remote directory" över SSH och välj katalogen för ditt RPi projekt. Det ska nu vara möjligt att öppna, editera och spara filer via VS Code på din PC. Installera nu också Java Extension Pack på din RPi, bara göra på samma sätt som innan fast nu i den VS Code instans som är uppkopplad mot RPi.
Tryck på debugger-symbolen, välj den föreslagna konfiguration. Det borde nu gå att debugga från din PC direkt på RPi. Ser ut så här för mig (kör OpenJDK 11 på min RPi4 med ARM64 Ubuntu server här, men borde fungera oavsett Java-version). "Normala" saker som single-step med F10, "tool-tip" för att se värden i variabler etc fungerar.
https://i.imgur.com/jNw6ALp.png
Det som debuggas här körs alltså på en RPi4, men VS Code själv körs på min Ubuntu laptop (x86-baserad).
Har ingen aning om det är möjligt att göra motsvarande i Eclipse. Om det är det får du hoppas någon annan vet hur...