Encoding - Bäst kvalitet vs. storlek från 5Dmk2

Hejsan!
Har köpt mig en 5D mark II. Riktigt trevlig systemkamera. Kul funktion är även att man kan filma i 1080p med kameran vilket öppnar massor med spännande möjligheter!!

Problemet är att formatet som kommer ut ur kameran är .MOV filer som är kodat med H.264.
Grymt svårt att redigera och behöver konverteras för att programmen ska flyta på normalt.

The video format is MPEG4, with a .mov extension

Nu undrar jag om någon kan tipsa om bästa möjliga konvertering för web. Om jag ska visa film på webben i 720p och vill få ut så mycket bildkvalitet som möjligt samtidigt som jag får så liten storlek som möjligt... Vad ska jag sikta på för format? FLV, Quicktime, Divx, AVI osv... har ingen aning.
Om någon har koll.. samt kanske kan ge tips på inställningar som kan vara nåt i Adobe Media Encoder så vore jag grymt tacksam!