Bortsett från tiden det tar att hitta, ladda ner och lära sig kloningsprogrammet så tar det minst så lång tid det skulle ta att kopiera motsvarande mängd okomprimerat data två gånger, så har du 100 Gig systempartition så tar det lite tid. Räkna med åtminstone nån timma åt vardera hållet, längre om du kör till USB-disk och lååång tid om du kör på nån äldre USB 1.0
Du använder nån programvara för disk cloning som tex Symantec Ghost eller Acronis TrueImage.
Det finns fler men de är de två största och de enda jag har erfarenhet av.
kolla http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_disk_cloning_softw...
där finns listat två som är gratis för privatpersoner.
De funkar på liknande sätt allihop och går ut på att man bootar från nån annanstans än den disk man ska kopiera (CD, floppy, PXE eller USB) startar kloningsprogrammet och pekar ut den partition eller disk som ska kopieras och vart imagefilen ska ligga (annan disk eller nätverksshare)
Sen skapas en stor komprimerad fil som är en kopia av hela disken eller partitionen, inklusive MBR och allt om det finns. Man kan till och med göra sektor-för-sektor kopiering, vilket nog inte skulle funka i detta fall.
Därefter gör man samma sak fast omvänt när man kopierar tillbaka.
I ditt fall skulle man alltså göra image till tex din tredje lagringsdisk, om du har plats på den. Sen skulle du stoppa in diskarna i nya riggen och stripa om de två systemdiskarna till ett nytt stripe-set och sist kopiera tillbaka imagen till det nya stripe-setet.
Edit
Nåt som inte har med RAID att göra är att du kan få andra problem när du flyttar en systemdisk till ny hårdvara. Det främsta är om du har OEM-licens av windows. Då kommer det garanterat skita sig. Men även andra problem kan uppstå när den ska byta drivrutiner och detektera nya devices.