De sakerna du vill göra kan Ubuntu fixa utan problem.
Kan du inte skriva till dina externa diskar?
Om inte så beror det sannolikt på att HFS+ är journalförande filsystem, vilket inte Linux klarar att skriva till (bara läsa med journalföring påslagen).
Disken kopplad till en Mac:
"Open Disk Utility under Applications -> Utilities
Select the volume to disable journaling on.
Choose Disable Journaling from the File menu."
Dock bör du läsa in lite om riskerna med att slå av journalföringen, är ingen expert på hfs+ men du ökar risken för fel i filsystemet. Om du har "omistlig" data på dessa diskar skulle jag tveka. Skall diskarna från och med nu sitta kopplade till din ubuntu-maskin så överväg att byta till ext4 istället.
För utdelning av dina filer till till din HTPC (antar att det är en windows maskin) så måste din server ha Samba installerat. Sök på Ubuntu och Samba så finns det många välskrivna guider hur du gör det.
Om du är van vid uTorrent clienten i windows, så finns det sedan att tag tillbaka en linux client. Prova den så kanske det känns mer "hem-tamt"