Annan teckenkodning i eclipse, mot servlet under tomcat? (Java)

Hej,

Nu har jag suttit och slitit mitt hår i flera timmar över ett teckenkodsproblem jag bara inte kan fatta!

Jag har en Java class i Eclipse som jag använder för att skicka ett SOAP-anrop. Kör jag denna klass via eclipse och skickar med tecken som ÅÄÖ fungerar det kanon både på min sida och på mottagarens sida. Men när jag byggt min Jar fil och anropar denna funktion via min webapp (Tomcat 7.0) så plir det helt andra tecken.
Jag tänkte förstås att det var variablarna jag skickade med som var felkodade i webappen. Men! Nu till slut har jag i klassen hårdkodat in texten: "Test - ö Ö å Å ä Å". Det funkar fint i Eclipse, men så fort jag anropar klassen ifrån webappen blir det knas.

Var kan det vara fel? Kan Tomcat köra på en annan encoding än vad Eclipse gör?