Endast fel disk i boot priority startar upp windows

Tja. Jag spenderade mer eller mindre en halv dag idag med att installera en ny i/o-panel från Fractal Design (tackar så mycket som fick den gratis), och jag passade även då på att dra om lite kablar i datorn (kommer kanske upp ett galleri senare). Kablarna blev snyggt dragna, men systemet blev lite skumt...
Först startade jag upp datorn och då visade det sig att min ssd hade fått en paj sata-kabel så den hittades inte. När jag hade bytt kabel så vägra Windows starta upp, då det klassiska "hal.dll"-fils problemet dök upp på skärmen. Började titta i boot priorityn i BIOS hur diskarna och ssd'n var upplagda och efter lite pillande så fixade jag så min ssd (med Windows på) var först i boot-listan och först i en annan lista. Startade om och samma resultat visades på skärmen.
Sen så kom jag på att jag bara varit inne i advanced-menyn, så jag startade om och stannade i den enkla menyn och testade knappen "boot nånting" där du kan välja valfri hårddisk i systemet som du vill starta datorn från. Testade det med 3/4 diskar varav 2 hade windows på sig, men bara 1 fungerade, och inte var det ssd'n som låg först i boot priorityn inte!
Och ännu skummare blev det därpå, för att när man gått igenom det ovan så tror man ju ganska säkert att man bara kommer kunna starta windows från den hårddisken man valde i bios, men där vände det! För då fick jag som tidigare (innan jag grejade med kablarna) upp en liten sån där val-lista som du får upp ifall du har windows på fler än 1 disk i datorn, och så valde jag Windows 7 som ligger på min ssd, och det fungerade hur bra som helst att starta upp systemet.

Så min enkla/svåra fråga (beroende på om du är kunnig eller ej) är följande:
Vad är det som gör att jag bara kan starta upp självaste booten via min gamla windows-hårddisk och inte via min nya windows-ssd när hårddisken ligger på 3e-4e plats i boot-priority bland mina 4 diskar och när min ssd ligger först upp i boot-priority-listan, SAMTIDIGT som det faktiskt går att starta upp windows på ssd'n när man valt att boota upp från min gamla hårddisk med windows?

Här blev det många långa meningar, hoppas någon kan ta sig tid att läsa och hjälpa mig med detta, för jag fattar ingenting. Tack på förhand!

Jag ska kolla upp detta! Men jag tycker fortfarande det är väldigt skumt :/