Kort svar: Läs in html-filen som en ren text-fil och behandla den med PHPs utmärkta text-verktyg. Spara resultatet i en variabel och mata ut den som vilken annan html-kod som helst. exempelvis PHPs diverse string-kommandon. Ex: str_replace
Mer utförligt:
När man pysslar med dynamiska sidor i PHP, brukar man i regel ha bitar av HTML-koden och allt tillhörande i korta delfiler som agerar "templates".
Dessa läser man in i en eller flera variabler, som man sedan bearbetar och till sist matar ut den färdiga HTML-koden.
Är sidan populär och/eller "hårt belastad", så försöker man minimera beabetningen av HTML-koden, och överlåter en del av de dynamiska bitarna till javascripten istället. Detta för att inte överbelasta servern. Man överlåter alltså en del av arbetet till klienten.
Det är dock viktigt att hålla alla säkerhetsrelaterade funktioner på serversidan.
En bra och väl designad sida behöver inte efterbehandlas speciellt mycket varken server-side eller client-side.
Det du efterfrågar, tror jag passar jquery bättre. Det vill säga ett javascript-bibliotek designad att underlätta modifering av HTML-kod "on the fly".
Om du däremot hämtar kod externt, och har inga möjligheter att anpassa HTML-koden och/eller dess javascripts, så kan jag tipsa om antigen PHP Simple HTML Parser, eller rentav XPath.
Nu har PHP en del rätt kompetenta "parsers" för HTML-kod, fast jag rekommenderar att använda dessa sparsamt, och ni bör kanbske överväga att designa om funktionerna så att ni slipper efterbehandla HTML-koden och dess tillhörande CSS.
Lite tips att läsa på om:
PHP Simple HTML DOM Parser
http://php.net/manual/en/class.domxpath.php
http://jquery.com/
Sedan, om du vill ha lite mer detaljerad hjälp, så ge oss lite exempel på vad det du vill göra. Använd CODE-taggarna, samt SPOILER-taggarna om det är mycket kod.