har du flera kärnor kan du associera programmet med vissa kärnor (3-4) och associera de andra programmen du tänker använda till de två som blir kvar. det går att göra i vilka konfigurationer man vill.
man gör det genom att gå in i aktivitetshanteraren > processer > högerklicka på processen > set affinity (kör engelskt os) > bocka ur de kärnor den inte får använda och bocka i de kärnorna för de andra programmen.
Har du flera processorkärnor kan du i Windows Task Manager välja Processes-fliken, högerklicka på handbrake-processen och välja Affinity där du kan göra så att handbrake bara kan använda några av dina kärnor.
BES CPU Limiter är också ett program jag använt för ändamålet.
Det bästa sättet är ju dock att installera en bättre kylare på processorn.