Placering av fläkt på sidoplåt.

Beror på vart den sitter och hur du har det med fläktar idag. Generellt strävar man efter att ta in kall luft lågt och långt fram i chassiet. Helst skall du försöka ha jämt antal fläktar in och ut med lite mer inluft än utluft för att få ett mindre övertryck så du får luften att gå genom dammfiltren

somsagt beror det helt på hur dina nuvarande fläktar är placerade, och hur chassit ser ut.
ta kort så blir det lättare.

Enklare om du talar om vilket chassi det gäller.

Om fläktplasten är placerad så att det går att blåsa sval luft på grafikkortet så tror jag att det ska vara optimalt att fläkten blåser inåt i lådan, oavsett om det är en "blower" referensdesign på kylaren eller en som bara rör om luften i lådan som Asus DCu2 eller EVGAs ACX.
Rör grafikkortskylaren om luften i lådan måste du dock ha bra luftflöde och utblås.

Men ta gärna bilder så kommer du garanterat att få bättre hjälp.