Prova att gå in på användaren och ställ in Home directory till Media mappen. Bör lösa FTP caset. Om OwnCloud går till en annan mapp så behöver du nog ställa in det specifikt för den tjänsten också.
Edit: Info om OwnCloud:
https://forums.freenas.org/index.php?threads/owncloud-plugin-...
Edit2: Genom att välja FreeNAS så har du tagit på dig ett betydligt större ansvar för konfigureringen av din NAS. Detta är den stora skillnaden och anledningen till att jag nu kör en Synology NAS istället, konfigurationen är så himla mycket enklare att få till som man vill. Med FreeNAS är det mer pillande och underhåll.
Innan du kommer för långt med din NAS så kan jag också tipsa om att det går att köra Synology's OS DSM på din microserver.