Ja man kan klona hela hårddisken, men du bör kontrollera att alla partitioner är markerad (i bockat) när du klonar hårddisken.
Edit: Tänk på att Samsung Data Migration Software bara fungerar om du skall klona till en Samsung SSD, om du köper en annan SDD till exempel Crucial MX100 512GB SSD så måste du använda kloningsprogrammet som följer med denna SSD eller Macrium Reflect Free http://www.macrium.com/reflectfree.aspx