Plex stöder numera .srt och .sub externa subtitles utan transcoding för alla Plex Home Theater, Plex Web, Android och Chromecast. SmartTV inkluderas i PHT. IOS tror jag stödjer det också, skulle vara förvånad annars. Dessa format är vad jag har läst om, värt att dubbelkolla, men chromecast och android kör jag själv och det funkar.
Vilka videocodecs och container som stöds beror på mottagaren. För chromecast (tror jag) är detta endast .mp4, men containers som .mkv remuxas enkelt (alltså inte transcode, utan mycket enklare för CPU).
Vill du vara säker på att kunna spela upp allt så skulle jag rekommendera en CPU med passmark på minst 2000 enligt plex anvisningar. J1900 moderkort med integrerad CPU och fanless har jag hört kan vara ett alternativ, och är energisnål.
Själv köpte jag en QNAP TS-251 nas som har J1800 som moderkort/cpu lösning. Detta klarar det mesta 720p transcode, men behöver knappt transcodea något mer, endast ljud och remux.
Rekommenderar att läsa på plex forum för just dina specifikationer. Men kanske är en NAS det enklaste alternativet, om du inte gärna vill bygga eget eller verkligen måste ha bra stöd för transcoding (TS-251 ska klara 720p, samt low bitrate 1080p, något som duger för mig de få gånger jag behöver transcoding). Tar upp mindre plats, men har du plats och kan ställa in den i en garderob eller nåt så får man bättre prestanda per krona om du bygger själv.