Det mesta sparas i /home. Har du det som en egen partition så kan du göra ominstallationer utan problem. Send om du har installerat egna program så sparas det i regel under /etc Handlar det om många .confs? om det bara är ett fåtal så skapa ett cronjob som kopierar de enskilda filerna till nån backupmapp i home och ta fullständig backup på /home så får du med dina privata filer också. Om det handlar om många filer så kan du ev göra Agile föreslog och kopiera hela /etc. Fördelen med första varianten är att du ser vart filerna ligger och även vilka det är. Kanske på något sätt är en fördel för dig?