Script för att sätta NTFS behörigheter (win 2000)

Jag har nätverk A kursen i skolan. Vi har speciella diskar som vi kör, vi har även samtidigt MCP kurs på win 2000 professional.
Problemet är att i en av övningarna i MCP boken så konverterade vi till dynamiska diskar, det var frivilligt. Detta problem har bara uppstått på några av oss som konverterade.
Då och då när man startar windows 2000 advanced server (nätverk A kursen), som är C: så får man BSOD, med felet INACCESSABLE_BOOT_DEVICE. Jag har kollat på MS KnowledgeBase och lösningen är att köra chkdsk för att rätta till felet, chkdsk fixar så C: fungerar, problemet är ju att det kommer tillbaka då och då... typ varannan gång eller oftare.
Eventviewer i win 2000 professional (D: ligger det på) visar det här:
The file system structure on the disk is corrupt and unusable. Please run the chkdsk utility on the volume C:.
(event 55)
Alltså professional har alltid gått att starta när det krånglar med C:

Det är bara några veckor kvar, och jag orkar inte installera om windows (man kan inte gå tillbaka till basic disk utan att ta bort allt). Visst, system state backup med AD osv kan jag ha men ändå jobbigt att installera om windows (2 st dessutom).
Vi har arbetat med ett lite projektarbete, att fixa ett nätverk för en fiktiv F-6 skola, typ lägga till saker i AD osv.
Jag har använt mycket NTFS behörigheter i mapparna som används, t.ex. där hem och profilmapparna läggs (roaming).

Varje gång chkdsk körs så ställs NTFS behörigheterna om på C:, bara administrators och system som har behörigheter (Full Control). Men detta sabbar allt jag har gjort på mappen för arbetet, blir ganska jobbigt att ställa in behörigheterna.
Jag har inget hopp om att fixa så jag slipper problemet helt, men skulle hjälpa att man på något sätt (MS script/program eller 3:e parts) som kan ställa in NTFS behörigheterna automatiskt?
hoppet står till sweclockarna!

stort tack i förhand den som kan tipsa mig om hur jag automatiskt ställer NTFS behörigheterna.

PS Jag har möjlighet att installera om, har en externa USB2 disk som jag kan lägga backupfilerna på, men problemet är att jag missar ännu mer av lektionerna, så jag kommer inte installera om windows.