Kan man göra en ominstallation av datorn utan att rensa en viss hårddisk?

Hej. Jag hade tänkt att göra backup på allting idag och sedan rensa datorn. Dock finns det ett problem, jag kommer lämna kvar filer som är för stora som jag inte kan göra backup på. De kommer jag lägga på min HDD. Kan man installera om datorn utan att behöva rensa HDD? För jag kommer installera operativsystemet på min SSD. Man ska bara låta bli att formatera HDD under windows installationen antar jag och formatera SDD bara?