Halv duplex brukar inte implementeras i gigabit-nät. Det finns med i standarden från IEEE men ingen vettig tillverkare implementerar det. Ser du nånstans att den förhandlat halv duplex 1000 eftersom du skriver det i rubriken?
Det känns som en mjrukvarugrej baserat på din beskrivning. Om du kopierar Freenas till Unraid från nåt annat än windows (live-boota ubuntu tex, eller kör direkt från freenas till ubuntu utan en tredje maskin involverad), vad får du för hastighet då?
Om du kör FreenNAS antar jag att du kör ZFS? Har du över 80% fylld disk? Checksumfunktionen i ZFS kan göra volymer rätt slöa när dom blir fulla. Har du scrubbat volymen?
Det är inte helt ovanligt att folk installerar en cache-disk trots att det inte behövs. Det är olika beroende på vilken protokoll som används, men det kan försämra prestanda snarare än tvärt om.
Det är vad jag kan komma på.