Varför skiljer sig dessa kopior åt?

Finns bara ett sätt att säkra detta - Hitta program som kan jämföra filerna på byte-nivå och markera det som avviker - och ja, det kommer att ta en stund att gå igenom 800 GB data totalt

Total commander har med sin funktion 'synkronisera mappar' möjlighet att göra det och även rekursivt i filträden och efteråt har man valet att genomföra synkningen eller inte och man kan se vilka filer som skiljer sig.

I total commander kan man också jämföra två filer separat även med olika namn och se skillnaden mellan dem som hexdumpar med sina ascii-värden.

---

Det jag tror som gör skillnad är olika gömda volymfiler som windows själv skapar och tex. hanterar och gömmer 'raderade' filer, versions-hantering av filer (dvs metadata för shadow copy), återställningspunkter mm. där och därmed kan vara olika stora beroende på hur moget filsystemet är (dvs. hur mycket man skrivit, läst och ändrat) - det finns en eller ett par sådana 'hemliga direktorys' som skapas på varje fysisk volym i windows och i princip inte syns förrän man läser disken med annan OS som inte är windows.

Samma filsystem (NTFS, FAT32) på båda sidor?
Kan ev finnas Alternate Data Streams inbäddat i filerna som inte kopieras över med Xcopy.
https://nirsoft.net/utils/alternate_data_streams.html

Överlag är väl robocopy att föredra över xcopy i nyare Windows-versioner

Normalt brukar inte R: och D: indikera att det gäller samma filsystem - men visst, sådant går också att trixa till om man vill.

Det handlar inte om Alternate Data Streams då dessa inte räknas med i storleken på filen.

xcopy inkluderar dessutom ADS.

Ärligt talat så tror jag faktiskt bara att någon fil ändrats i ursprungsmappen medan du gjorde kopieringen. Ibland är den enklaste förklaringen den mest sannolika!

Enkelt.
Ett skript som listar alla filerna och storlekar.
Jämför.

fast då kollar man inte innehållet - NTFS stöder 'hål' i filer precis som de flesta Unix-filsystem vilket gör att en fil kan rapporteras stor men om man skriven med lseek i program fram och tillbaka (som torrent-nedtagningar) så förbrukas bara utrymmet från disken det som skrivs i filen fast den anges som tex. 4GB stor.

mao skall man vara helt säker så är det binär-jämförelser som bör göras.

Doublekiller letar duplikatfiler och kan jämföra en fil bit för bit, det går ju att använda det eller liknade program baklänges och se vilka filer som blir kvar om man tar bort de som är bitexakta kopior.
http://www.bigbangenterprises.de/en/doublekiller/

Ibland behöver man skicka med flagga för att hål i filer skall bevaras även på kopia om dess filsystem som filerna landar på stöder det - annars är det du säger att hålen fylls med binära nollor vid kopiering och gör man diff mellan dessa så skall de ändå vara helt identiska.