Självklart är det så att även NTFS blir fragmenterat, dock inte i lika stor utsträckning som FAT.
I FAT sparas endast adressen till det första lediga klustret (tror jag), medans NTFS har en massa tabeller med lediga kluster i olika storlekar.
Så när man sparar en fil under FAT, så kommer den första delen av filen läggas på det första lediga klustret, sedan söker operativsystem av disken framåt tills den hittar fler lediga kluster osv. Resultatet blir att filen kommer ligga utspridd, om disken innan är fragmenterad.
Med NTFS kan Windows kolla i tabellen över lediga kluster och placera filen där hela kan få plats på en gång.
Tar man däremot bort filer, kopierar eller skapar nya så bildas det ju luckor. Till slut när man ska spara en ny fil så finns det ingen lucka som är tillräckligt stor för att rymma hela filen, då kommer filen bli utspridd och man får fragmentering.
Speciellt mycket fragmenterat blir det om man ligger och tankar filer från t ex Kazaa eller DC. DC++ har dock en trevlig antifragmentation-funktion. Vill man minska att fragmentering inträffar bör man lägga swap-filen på en separat partition, och även lägga temporary internet files, temp, history osv på en separat partition.
Jag rekommenderar att man kör en full defragmentering på alla hårddiskar minst en gång i månaden, med t ex Diskkeeper eller O&O Defrag.