Hur avinstallerar jag/uppdaterar jag rätt i Fedora?

(Via terminal)
När jag önskat senaste versionen av Darktable och LibreOffice så har jag behövt göra nyinstallation och det slutar med att jag både har den nya och den förra versionen installerad. (Sudo dnf install *)

Då blir jag osäker hur jag ska avinstallera rätt, alltså den gamla versionen och försöker då via Discover softwarecenter men gamla libre syntes inte där då som exempel.

Detta dilemma kunde jag undvikit om jag avinstallerade först och nyinstallerade sen, fast då är jag rädd att jag missar att återvinna eventuella inställningar och sånt som gamla versionen har.

Jag anar att jag gör på fel sätt.
Hur gör ni som kan Linux när ni vill ha senaste versionen av något som inte 'sudo dnf update' ger er?
(eller apt-get för andra)

Och vad kommer det sig att update-funktionen inte uppdaterar alla program till det senaste? (såsom darktable,libreoffice)