Ingen av M.2-portarna på det moderkortet delar bandbredd med någon annan port, så det finns inget behov av att kunna ändra hur många PCIe-banor de använder i BIOS utan varje port har sina x4. Så troligtvis är det något hårdvarufel, och då pekar allt på att det är SSDn som är trasig eftersom du provat flera olika M.2-portar.
Har du granskat M.2-kontakten på SSDn? En trasig pinne skulle kunna få den att gå ner i x1-läge. Den ser ok ut på bilderna, men det är ju bara ena sidan som syns. Men det kan förstås vara något internt fel också.