Konstigt problem med fel master/slave

När jag installerade windows har jag nu upptäckt att jag satte hårdiskarna fel den som operativ systemet körs ifrån är slave och den andra är master. Detta har lett till ganska stor ostabilitet och det är ofta datorn vägrara starta eller inte kan läsa från hårdiskarna. Om ja på något sätt byter plats på dom nu startar inte datorn, det är någon fil som inte kan hittas. Enda lösningen jag ser nu är att ominstalera windows, är det någon annan som vet ett annat sätt?