Fint! bästa sättet att lära sig något ordentligt!
Jag skulle nog ha fixat till det i php. Dvs att index.php alltid anropas. Dvs aldrig använda några undermappar mer än "virtuella".
Såhär kör jag tex:
RewriteRule ^([0-9A-Za-z_/\-\.\s\!\|]+)$ /index.php?path=/$1 [L,QSA]
Då kan man ju anropa mindomän.se/en/sökväg/till
Så får man i php hantera detta eftersom man får
$_GET['path'] = 'en/sökväg/till';
sedan kan du ju köra explode på den med "/" som avskiljare och gå igenom den och visa sidor efterhand som dom matchar din meny struktur (som du kanske har i databas eller annan array).