PHP include laddar inte js.fil till meny?

Halloj!

Gör om min sida från grunden och har lite problem med ett dropdown menu-script, som har fungerat när jag inte kört php include med den.

Själva menyn visas som den ska med koden:
<div id="menu">
<?php include("includes/menu.php"); ?>
</div>

MEN dropdown-funktionen (<script type="text/javascript" src="js/menu.js"></script> kvar i headsektionen) visar noll aktivitet.

Lösningen borde ju vara tämligen simpel (länka js-filen på annat sätt i css-filen eller i menu-php?) fast jag är totalt fast så om någon här vet vad jag menar och har en lösning mottager jag den tacksamt.