wix och installdir i runtime?

Jag håller på att fixa installationsdelen till en komponent som installeras med hjälp av Wix. Setupen består av en bootstrapper som är en vanlig .net exe fil som installerar ett gäng msi-filer med hjälp av msiexec.exe. Problemet jag har nu är jag behöver ändra installationsplatsen beroende på om ett registervärde finns eller inte, något som behöver göras i runtime. Jag har inte lyckats lura ut hur detta görs i wix-scriptet eftersom dokumentationen ligger på open source-nivå. Jag har även försökt att flytta filerna med hjälp av bootstrappern men då fallerar resten av msi-kjedjan så det verkar inte vara ett alternativ. Så om någon har koll på hur den logiken skulle se ut i wix-xml:en så tar jag tacksamt emot hjälp.