Hur flyttas data mellan två sekundärHDDarr?

Det går "direkt". Det enda stället datan "mellanlandar" är i ramminnet.

Men angående dina prestandasiffror. Tänk på att hastigheten skiljer beroende på om hårddisken läser eller skriver. En hårddisk skriver i normala fall långsammare än den läser.

Den teorin stämmer.

Ska man vara noga så kommer datan även att sparas i processorns cache-minne och dess register (kanske även hårddiskens cache-minne).

Vad menar du med "Men hur tar man reda på hur många MB/s dom går på då" ? Vad är det som "går på" vad?

Det är processorn som utför själva operationen (Läsa/Skriva), men det går inte att mäta prestandan på processornivå.

I kort går det till så här:
CPU läser en "klump" data från hårddisk 1 och sparar det i ramminnet.
Sedan läser den "klumpen" från minnet och skriver till den hårddisk 2.
Detta görs om och om tills hela filen är kopierad.
När filen är kopierad tas den bort från hårddisk 1 (eftersom datan skulle flyttas)
Om det är fler filer som ska flyttas så börjar den om på nytt med nästa fil.

Det här är en väldigt förenklad version av hur det går till, men jag gissar att det räcker.