Jag skulle nog ha använt 100 databaser för 100 sajter av den enkla anledningen att test/backup blir enklare.
Om din enda databas med 100 sajter blir korrupt/får dålig data/blir hackad så får 100 sajter problem. Har du 1 databas för 1 sajt så påverkas bara den sajten.
Samma sak om du behöver ta backup eller vill testa datan på din lokala dator: Det blir mycket krångligare om du behöver ladda ner 100 sajters data och sila igenom den, istället för att bara ta backup på den sajten som du är intresserad av.
Wordpress är inget bra exempel på god databasdesign, snarare tvärtom.
Att köra flera databaser är sällan en nackdel. Det blir lite mer administration men du får i gengäld bättre separation och säkerhet av datan.