Mudulär kod i PHP?

Hallå!
Jag skulle behöva lite hjälp med min kod, eller snarare idéer.
Det är så att jag vill bygga upp min kod på så sätt att det är en huvudfil som körs konstant, men som sedan på något sätt laddar om mindre filer, som moduler på sätt och vis. Men jag har inga bra lösningar på detta...
Det jag vill göra i princip är att "includera" en fil igen, och sedan ladda om klassen i den till den gamla variabeln

<?php

// Vid uppstart
include("enfil.php");

$enfil = new enfil();


// Vid ett senare tillfälle
include("enfil.php"); // IGEN, för att ladda om ändringar i koden unden körning.

$enfil = new enfil(); // Skriv över det gamla objektet
?>

Ni förstår vad jag menar?
Men om jag includerar samma fil två gånger så finns koden där två gånger, och ger då självklart errors.

Det måste finnas en bra lösning? Den måste självklart inte likna det sätt jag förklarade ovan.

Några idéer?
// Richard

EDIT: Jag kom på idén att köra modulerna separat.
Dvs att huvudfilen exekverar modulfilen, där de två filerna sedan arbetar med varandra genom telnet, men detta tycker jag verkar för invecklat, och letar fortfarande efter bättre förslag

function myInclude($file)
{
	$content = file_get_contents($file);
	$newName = sha1(uniqid(rand(), true));
	file_put_contents($newName, $content);
	
	include $newName;
	
	unlink($newName);
}

Anledningen till varför jag vill göra såhär är för jag kodar en IRC-bot, och vill kunna ändra i koden utan att starta om den och återansluta.
Jag vet inte riktigt hur ditt sätt kommer att fungera, eftersom koden från den tidigare inkluderade filen kanske ligger kvar i koden. Men jag ska prova

Om jag inte minns fel så är väl eval väldigt segt? Jag menar om jag ska exekvera 200 rader kod, tex...

Det var bara något jag minns från mitt undermedvetna, typ har för mig att det var segt bara, men jag har kommit på en ny ide, kanske inte så lysande, men ändå genomförbar.

Jag har en tabell i min databas för temporär data, där modulen och huvudfilen kommunicerar med varandra genom en vanlig socket anslutning som säger att "NU ÄR JAG FÄRDIG, TITTA I DATABASEN EFTER DESSA RAD ID..."
så kollar huvudfilen i databasen efter de rader med dessa ID osv..
men jag har andra problem nu, som jag editerar in här snart.
EDIT:

Jag vill skapa ett "träd" med klasser, där alla "subklasser" kommer åt variablarna ifrån "huvudklassen", men det skiter sig när jag ska ha mer än en subklass, någon som vet varför?