Allt du har sparat på andra hårddiskar kommer efter en ominstallation att vara helt vanliga filer, Windows kommer inte att bry sig om dessa på något vis. Har du program installerade där kan du försöka använda dem efter ominstallation, men det kan hända att du måste installera om vissa av dem för att de ska börja fungera.
Så nej, det kommer inte att uppstå några konflikter. Dock om det skulle ha varit min dator skulle jag antagligen ha tagit bort alla programfiler från din hårddisk och installerat om dessa program, efter att ha installerat om Windows. Men det är förstås helt upp till dig.