Det är ett vanligt bagageutrymme i en vanlig buss, så att säga (lucka som öppnar upp sidan av bussen). Du kan säkert få lägga in ditt bagage själv om du vill att det görs extra varsamt.
Om ni gör stopp på vägen så kommer mer bagage troligen tryckas in/bagage plockas ut, vilket potentiellt skulle kunna vara en risk. Om du nämner för chauffören att det är relativt ömtåliga saker så tas det säkert hänsyn till. Ni skulle även kunna gå ut och se på när omlastning sker, eller hjälpa till — kanske tom är uppskattat. Denna punkt är dock inte så mycket att bry sig om i ert fall — Swebus gör inga stopp mellan Göteborg och Jönköping. Se till att vara relativt snabbt ute ur bussen i Jönköping dock så att ingen annan resenär river runt bland er packning för att få ut sin egen.
Det sker ingen extern bagagebehandling som på en flygplats. Det är inte farligare att frakta en dator i bagageutrymmet på en sådan buss än i bagagutrymmet på en vanlig bil. Ni får själva se till att själva packningen görs ordentligt och säkert så att repor och annat inte uppstår.
En bra reflex är att kontrollera insidan på datorn innan den sätts igång. I sällsynta fall kan fläktkontakter och annat ha trillar ur, och om ni inte fäst PCI-kort, hårddiskar, etc., ordentligt i lådan från början så kanske de också kan ha flyttat på sig.
Vill man vara säker på/över gränsen till paranoid så skulle man kunna plocka ut mekaniskt rörliga delar (i.e. mekaniska hårddiskar) och ha dem i skyddade behållare (anti-ESD, osv) i "handbagaget" inne i bussen så att man har direkt kontroll. Det extra arbetet det innefattar gör nog att det inte är värt det (och kanske är risken högre att ni välter ert handbagage än att materialet i bagageutrymmet får en smäll).