owncloud, bittorrent sync, seafile är ett par alternativ. De har olika syn på hur implementationen bäst utförs och resulterar i ett par för och nackdelar.
Jag använder owncloud, vilket fungerar väl med windows och iOS sync client, linuxklienten är tyvärr riktigt dålig. En blogpost med några korta beskrivningar fanns här: http://blog.patshead.com/2013/04/self-hosted-cloud-storage-so... i övrigt är det dåligt med tester, läs lite och testa!
Extern-disk tillverkarna verkar erbjuda sina egna lösningar, vilket kanske passar dig, jag hade aktat mig för att låsa mig till en specifik tillverkare dock.
Edit: Jättebra reddit tråd om du vill ha mycket att läsa: http://www.reddit.com/r/linux/comments/1efdnd/sparkleshare_ow...