Ja jag syftar på den officiella externa PCIe från PCI-SIG som är i princip obefintlig. Användes möjligtvis lite i vissa servrar för att koppla ihop saker mellan olika rack på ett smidigt sätt.
http://www.maxexpansion.com/sites/default/files/styles/uc_product_full/public/field/product/PCIe-x16_exp_kit_trans.png
Sådär ser x16-kontakterna och kablarna ut och som du ser är de gigantiska. Hade inte gått att ha i en laptop.
Thunderbolt använder bland annat PCIe precis som nya USB kan köra bland annat PCIe. Dock är Thunderbolt en i allra högsta grad stängd standard kontrollerad av Intel som dessutom har rätt dyra kontrollers vilket är anledningen till att den knappt finns. Apple drev på utvecklingen och hade inte de satsat på den i början som en ersättare till Firewire hade det nog inte blivit något alls. Nu har ju till och med Apple backat lite från Thunderbolt då deras senaste Macbooks kör USB istället. USB 3.1 och typ-C har gjort Thunderbolt rätt överflödigt om inte Intel magiskt lyckas lösa allt trassel. En av anledningarna till att det finns rätt ont om saker som använder Thunderbolt är utöver det höga priset att Intel måste godkänna allt. Det är för övrigt därför externa grafikkort har lyst med sin frånvaro. Intel har vägrat godkänna några sådana enheter med Thunderbolt Verkar dock som att de ska börja med det nu när nästa generation kommer i samband med Skylake. Fast frågan är bara varför man ska satsa på Thunderbolt när USB 3.1 och typ-C finns. Thunderbolt ska ju gå ifrån sina gamla mDP-kontakter och köra typ-C de med nu.
OCuLink hade jag missat men det ser inte ut som att konsumentmarknaden kommer vara intresserad. Thunderbolt och PCIe är mycket mer flexibelt att använda då de klarar att skicka många fler typer av signaler plus att de kan skicka ström. Däremot kan den säkert användas inom mer specialiserade tillämpningar. Kan tänka mig att det blir populärt i servrar för att man då kan placera PCIe-enheter lite som man vill utan att vara begränsad av kontaktdonen som man är idag.
Alternate mode är snarare för saker som DisplayPort, vilket självklart är bra om man vill docka via USB. Thunderbolt 3 kommer ju dock använda Typ-C för Thunderbolt som du säger. Intel kommer antagligen bygga in det i mer, och att köpa kretsar från Intel (för tillbehören) är inget stort problem i sig.
AMD hade extern PCIe via deras egna XGP-standard ett tag. Då var det x8 eller x16, över relativt liten kontakt.
Apple kör inte 3.1 än. Att grafikkort lyst med sin frånvaro har med sånt som UEFI och vBIOS att göra. Hotswap och kompatibilitet är inte enkelt. Kretsarna har du kunnat köpa från distributörer för vilket syfte du vill om du så velat. Sony hade en grafikkortdocka till en specifik modell som gick över Thunderbolt med en egen kontakt. Problemet är ju bara att det inte hade funkat till vilken maskin som helst.